Nach einem zweijährigen Aufenthalt an der Universität Palermo als Assistent im Labor für organische Chemie von Professor Stanislao Cannizzaro zog der junge Guglielmo Körner im Dezember 1869 auf Einladung des Senators des Königreichs Francesco Brioschi, der 1863 das Regio Istituto Tecnico Superiore (das spätere Polytechnikum von Mailand) gegründet hatte und die im November 1869 eröffnete Regia Scuola Superiore di Agricoltura (Königliche Hochschule für Landwirtschaft) aktiv förderte, nach Mailand.
Das weitsichtige Projekt von Brioschi, der fest an die Bedeutung der Chemie in den angewandten Wissenschaften glaubte, wurde vervollständigt, indem Körner mit den Kursen in Organischer Chemie und Analytischer Chemie betraut wurde, die an der Landwirtschaftsschule und dem Höheren Technischen Institut unterrichtet wurden, und indem Angelo Pavesi, ein ehemaliger Professor an der Universität Pavia, auf den Lehrstuhl für Landwirtschaftliche Chemie berufen wurde.
Körners lange und brillante Karriere an der Mailänder Schule begann jedoch eher gequält, so dass er mehrmals schriftlich seinen Unmut sowohl an Brioschi, bei dem er sich über die mangelnden Ressourcen für den Lehrstuhl für Organische Chemie beschwerte, als auch an Cannizzaro, seinen langjährigen Mentor und zuverlässigen Bezugspersonen, äußerte, dem er von der absoluten Unzulänglichkeit der Techniker berichtete, die für die Gestaltung der Laboratorien der Schule zuständig waren, und von der persönlichen finanziellen Notlage, in der er sich beim Verlassen Palermos befand.
Körner beklagte sich insbesondere über die unzureichenden räumlichen und finanziellen Mittel, die ihm am ersten Standort der Schule (im ehemaligen Collegio di San Luca in der Nähe der Porta Lodovica) zur Verfügung gestellt wurden, was den Bau und die Einrichtung der Laboratorien für organische Chemie verzögerte, und warf Brioschi vor, dass er nicht von Anfang an gebeten worden war, die Pläne für deren Bau zu entwerfen. Der tiefe Zustand der Frustration, in dem er sich befand, verschlimmert durch die Symptome der Krankheit, die ihn dazu gebracht hatte, sein Heimatland zu verlassen, veranlasste ihn sogar dazu, einige Monate nach seiner Ankunft offen seinen Wunsch zu äußern, Mailand und die Landwirtschaftsschule zu verlassen.
Während er auf ein gut organisiertes und angemessen ausgestattetes Labor wartete, um an den Fragen zu arbeiten, die er bereits teilweise in Palermo und noch früher in Gent, Belgien, untersucht hatte, und sich mit den kleinen Fortschritten tröstete, die er bei der Einrichtung der ihm zugewiesenen Räumlichkeiten gemacht hatte, stellte Körner seine Dienste im Rahmen der bereits laufenden Forschung an der Regia Scuola Superiore di Agricoltura zur Verfügung. Unter den verschiedenen Arbeiten, die in dieser Zeit durchgeführt wurden, ist es interessant, dass neben der Zusammenarbeit mit prof. Gaetano Cantoni, dem ersten Direktor der Schule, an einem direkt vom Ministerium für Landwirtschaft, Industrie und Handel in Auftrag gegebenen Forschungsprojekt über den Zuckergehalt verschiedener Rübensorten mitwirkte (eine Zusammenarbeit, die von Cantoni ausdrücklich erwähnt wurde, der den jungen deutschstämmigen Chemiker mit der Analyse betraut hatte, die mit einem speziell vom Ministerium zur Verfügung gestellten Saccharimeter durchgeführt wurde), wurde Körner vom Gericht beauftragt, ein Gutachten über die Suche nach Alkaloiden in organischen Proben einer männlichen Person zu erstellen. Wir kennen die Einzelheiten dieses Auftrags nicht, der in Zusammenarbeit mit Pavesi im Labor für Agrarchemie der Schule durchgeführt wurde, aber wir wissen, dass die durchgeführten Analysen, wie Körner in einem Brief an Cannizzaro vom Juli 1870 berichtete, “ in drei Teilen des Körpers Morphin und Narkotin, und nicht ganz sichere Hinweise auf Papaverin. Meconsäure aufgrund des Vorhandenseins von Essigsäure und zusätzlichem Farbstoff konnte nicht mit Sicherheit festgestellt werden.“
Im Herbst 1871, nachdem er Cannizzaro ein Konzept für die Organisation der erhaltenen Räumlichkeiten vorgelegt und verschiedene Kompromisse mit der Leitung der Mailänder Schule akzeptiert hatte, wurden die Räumlichkeiten des Labors für organische Chemie endlich fertiggestellt und die Arbeit begann mit voller Kraft, auch dank der Anwesenheit von Mariano Mercadante, der bereits Assistent in Palermo war und im Mai desselben Jahres vom Ministerium für Landwirtschaft, Industrie und Handel zum Assistenten am Lehrstuhl für organische Chemie an der Mailänder Schule ernannt worden war.
Diese scheinbare Ruhe hielt jedoch nicht lange an, denn in der Nacht vom 8. auf den 9. März 1872, wenige Monate nach der Einweihung des Sitzes der Ersten Internationale in Mailand (einer sozialistischen und anarchistischen Bewegung zum Schutz der Arbeiterrechte), wurden die Chemielabors der Königlichen Landwirtschaftsschule zum Ziel eines glücklicherweise erfolglosen Anschlags, für den Mercadante und die Studenten Giuseppe Testini, Francesco Danielli und Vincenzo La Bella, alle Mitglieder der Internationale, angeklagt wurden. Vermutlich unter der Leitung des deutschen Internationalisten Theodor Cuno, der die Labors der Mailänder Schule in den Monaten vor dem Attentat mehrfach besucht hatte, planten und versuchten die Täter einen Bombenanschlag, indem sie die Räume des Labors für Landwirtschaftliche Chemie im Erdgeschoss des Gebäudes vergasten, direkt unter denen des Labors für Organische Chemie, wo sich große Mengen an brennbarem und explosivem Material befanden. Indem sie die ganze Nacht über Gas aus den 120 Hähnen strömen ließen, die normalerweise in den verschiedenen Räumen des Labors für Analysen verwendet werden, und indem sie die Flamme der beiden Hähne auf dem Tresen im ersten Raum brennen ließen, versuchten die Angreifer, eine starke Explosion auszulösen, die im Labor im Obergeschoss mit Sicherheit große Schäden an den Einrichtungen der Schule verursacht hätte. Laut dem Bericht von Direktor Cantoni an den Minister für Landwirtschaft, Industrie und Handel betrug die Gasmenge, die am Morgen des 9. März im Labor im Erdgeschoss des Gebäudes vorhanden war (Cantoni und Pavesi schätzten sie auf 320 Kubikmeter!), wie folgt “ was zu einer Explosion führen könnte, wenn zufällig jemand mit einer brennenden Zigarre hereinkäme„.
In Bezug auf das politische Motiv, das zu dieser aufsehenerregenden Aktion geführt hatte, die wahrscheinlich nur deshalb erfolglos war, weil eine Abzugshaube im ersten Raum des Labors teilweise offen gelassen worden war, führten die Geschehnisse zu einer prompten Reaktion der zuständigen Behörden. Nach der sofortigen Verhaftung der mutmaßlichen Täter (im Rahmen des so genannten ‚Mercadante-Prozesses‘) erteilte Minister Castagnola dem Direktor Cantoni einen strengen Verweis, der sich damit verteidigte, dass Mercadante, der Hauptverdächtige in diesem Fall, Er verteidigte sich mit dem Hinweis, dass Mercadante, der Hauptverdächtige in diesem Fall, ein Assistenzprofessor für organische Chemie war und dass Körner, obwohl er wusste, dass sein Labor auch von Studenten der Internationale besucht wurde, die aus ihren politischen Ideen keinen Hehl machten, die entstandene gefährliche Situation zumindest nicht angemessen berücksichtigt hatte.
Nach der Untersuchung des Geschehens, an der das Ministerium für Landwirtschaft, Industrie und Handel, das Innenministerium und das Justizministerium sowie das Mailänder Strafgericht und die Präfekturen von Palermo und Mailand beteiligt waren, wurden alle Verdächtigen aus Mangel an Beweisen freigelassen; Selbst Mercadante, gegenüber dem Körner in den Wochen nach dem Bombenanschlag eine unverständliche Haltung eingenommen hatte, indem er zunächst beteuerte, er sei sich seiner Schuld sicher, um dann seine Aussagen zu korrigieren, indem er behauptete, er habe keine Zweifel an seiner Unschuld, wurde freigesprochen, aber endgültig von der Schule entfernt, ebenso wie die drei beteiligten Schüler.
1875 wurde die Regia Scuola Superiore di Agricoltura, die seit 1873 im ehemaligen Convento dell’Incoronata in der Via Marsala einen neuen, aber nicht idealen Standort gefunden hatte, dem von Brioschi gegründeten und geleiteten Consorzio per il Coordinamento degli Istituti Superiori di Milano angegliedert. Trotz der häufigen Meinungsverschiedenheiten zwischen Brioschi und Cantoni über den Aufbau und die Organisation der Schule begann für die Schule selbst eine Zeit relativer wirtschaftlicher und verwaltungstechnischer Stabilität, die Körner und den anderen Lehrern eine lohnende akademische Karriere ermöglichte.
Mehr als fünfzig Jahre lang unterrichtete Körner in dem funktionell ausgestatteten Labor im Gebäude in der Via Marsala mehrere Generationen von Studenten an der Scuola Superiore di Agricoltura und dem Istituto Tecnico Superiore in Mailand in Organischer Chemie (eine Lehre, in der die Landwirtschaftschemie bereits seit 1885 aufgegangen war).
Die alten Missverständnisse mit dem Gründer des zukünftigen Polytechnikums, dem Körner als Direktor der Landwirtschaftsschule folgte (ein Amt, das er von 1899 bis 1914 innehatte), waren nun völlig vergessen, wie die Rede Körners am 16. Dezember 1897 bei Brioschis Beerdigung zeigte. Bei dieser Gelegenheit erinnerte Körner an Brioschi, drückte sein Bedauern und seine Dankbarkeit ihm gegenüber aus und betonte, dass die Regia Scuola Superiore di Agricoltura, die in ihren Anfangsjahren von vielen abgelehnt wurde, überlebt habe “ nur dank ihm, der, nachdem er es seit langem mit dem anderen bereits blühenden Institut seiner eigenen Schöpfung verbunden hatte, seine Unterdrückung abwenden konnte“ und ihm gleichzeitig „jene hoch wissenschaftliche Ausrichtung, die heute von allen geschätzt wird und die den wirksamsten Faktor für seine Zukunft darstellt„.
Von der tiefen Verbundenheit Körners mit der Mailänder Landwirtschaftsschule zeugt unter anderem die Tatsache, dass seine Beerdigung 1925 im Hof des Gebäudes in der Via Marsala stattfand. Dort blieb die Schule noch ein Jahr lang, bevor sie an ihren heutigen Standort in der Via Celoria im Herzen des Mailänder Stadtteils Città degli Studi verlegt wurde.