Johan Wilhelm Körner wurde am 20. April 1839 in Kassel, Nordhessen, Deutschland geboren.
Der Vater ist einMünzsammler am kaiserlichen Hof, während die MutterSophie Küch stammt aus einer Familie von Müllern. Der junge Wilhelm besucht ein technisches Institut für angehende Ingenieure, dann1859 wechselte er in die Universitätsstadt Gießen, wo er 1860 nach nur einem Jahr Studium seinen Abschluss in Chemie machte.
Die Reisen von Körner
Er blieb bis 1864 als Assistent in Gießen, begeisterte sich für die organische Chemie und verbrachte eine kurze Zeit von sechs Monaten in London bei dem Chemiker W. Odling (1865). Dann kam die große Entscheidung, die sein Leben veränderte: fasziniert von August Kekulés Theorien, beschloss er, ihm nach Gent, Belgien, zu folgen.
Stehend von links: Mayer (ab 1864 bei Kekulé in Gent), Körner (Kekulés Assistent von 1865 bis 1867), Esch, Semmel, Behrend, Ladenburg (blieb sechs Monate bei Kekulé und schlug ein anderes Modell des Benzols als das von Kekulé vor). Sitzend von links: Swarts (folgte Kekulé ab 1867 auf dem Lehrstuhl in Gent), Kekulé (zog 1867 nach Bonn), Glaser (Kekulés Assistent von 1865 bis 1867, folgte ihm 1867 nach Bonn) 
Kekulé studierte 1847 an der Universität Gießen. Er schrieb sich zunächst für den Studiengang Architektur ein, wechselte dann aber in den Studiengang Chemie, nachdem er Vorlesungen von J. von Liebig, einem der bedeutendsten Chemiker seiner Zeit, besucht hatte. Er schloss sein Studium 1852 ab und arbeitete danach einige Zeit im Labor von W. Odling in London. 1858 wurde er auf den Lehrstuhl für Chemie in Gent, Belgien, berufen, wo er in der ersten Novemberhälfte eintraf.
Körner, der zehn Jahre jünger war als Kekulé, besuchte einige Jahre später dieselbe Universität, wo er Emil Kekulé, den Bruder von August, kennenlernte, der wegen seines sehr ruhigen und ausgeglichenen Auftretens den Spitznamen Paschá trug. Körner und Emil Kekulé, damals Verwaltungsangestellter und später Landrat, wurden gute Freunde. Sie wohnten beide in Gießen, im Haus von A. W. Hofmann, einem anderen sehr bedeutenden Chemiker, dem ‚Tintenfass‘, wie das Gebäude wegen seiner zwei Türme in der lokalen Sprache genannt wurde. Körner hatte den Ruf, voller dummer Scherze zu sein und hatte Schwierigkeiten, seinen Unfug zu kontrollieren. Nach seinem Abschluss arbeitete er im Chemielabor der Universität, ging dann für sechs Monate nach London in das Labor von W. Odling, wo auch Kekulé arbeitete. 1865 wurde er Kekulé nicht nur von seinem Professor Will, sondern auch von Kekulés Bruder Emil empfohlen.
Kekulé erkannte bald, dass er in Körner einen ungewöhnlich fähigen Mitarbeiter gefunden hatte. Er stellte ihn nicht nur als Sekretär ein, um an seinem Lehrbuch mitzuarbeiten, sondern bat ihn auch, ihn an den späten Abenden in die Infinitesimalrechnung einzuführen, nachdem er seine mathematische Ausbildung am Industriegymnasium in Kassel erhalten hatte.
Körner litt jedoch unter schweren Anfällen von Rheuma und das Klima in Gent war sicherlich nicht das geeignetste, so dass er auf ärztlichen Rat hin beschloss, in ein wärmeres Klima zu ziehen. So kam es, dass er 1867 nach Palermo in das Labor von Stanislao Cannizzaro zog, einem der bedeutendsten italienischen Chemiker der damaligen Zeit, den Kekulé sehr gut kannte.
